实验室与中国科学院新疆生态与地理研究所、中国科学院西北生态环境资源研究院、中国科学院植物研究所、中国科学院生态环境研究中心、中国科学院南京土壤研究所、兰州大学、中国农业科学院、清华大学、北京林业大学、南京水利科学研究院等国内高校和科研院所建立了良好的合作关系，在中科院沙坡头沙漠试验研究站、临泽内陆河流域研究站、乌拉特荒漠草原研究站建立了研究生实习实践基地，建立长期稳定的学术交流与合作机制。近5年，联合承担国家和自治区级以上重大/重点科研项目20余项，承办大型学术会议10余次，国内教师短期互访110余人次，邀请知名专家学者来实验室做学术报告180余场次。
